一直以来自己不是很清楚这两者之间到底有什么区别，只知道怎么去用，今天看书时又看到这个问题了，所以就网罗了一下大家的观点，并自己做了一下比较，再次声明，目前所有的比较内容都是建立在VS2008开发环境下的。
首先看一下最初模版生成的文件
新建ASP.NET网站如下：
新建ASP.NET WEB 应用程序如下：
其次，我们来看一下自动生成的Default文件：
新建ASP.NET WEB 应用程序比新建ASP.NET网站多了一个Default.aspx.designer.cs文件； 由Default.aspx页面的page指令我们可以看出——新建ASP.NET网站没有命名空间，CodeFile指向代码隐藏页，新建ASP.NET WEB 应用程序有命名空间，CodeBehind指向代码隐藏页
另外，两者生成的Web.config中的节点基本都是一致的
所以若想将ASP.NET WEB 应用程序转换为新建ASP.NET网站，可以这样做——删除所有*.designer.cs，将*.aspx、*.ascx、*.master页面文件中的 Codebehind="FileList.aspx.cs" 批量替换成 CodeFile="FileList.aspx.cs"（当然，若是能找到相关的转换工具就更好了，呵呵）
接着，整理了一些网上查到的两者的优缺点：
ASP.NET WEB 应用程序编程模型的优点：
●网站编译速度快，使用了增量编译模式，仅仅只有文件被修改后，这部分才会被增量编译进去。
●生成的程序集
ASP.NET网站：生成随机的程序集名，需要通过插件WebDeployment才可以生成单一程序集
ASP.NET WEB 应用程序：可以指定网站项目生成单一程序集，因为是独立的程序集，所以和其他项目一样可以指定应用程序集的名字、版本、输出位置等信息
●可以将ASP.NET WEB 应用程序拆分成多个项目以方便开发，管理和维护
●可以从项目中和源代码管理中排除一个文件
●支持VSTS的Team Build方便每日构建
●更强大的代码检查功能，并且检查策略受源代码控制
●可以对编译前后的名称，程序集等进行自定义
●对App_GlobalResources 的Resource强类支持（网上说的，还没有了解过）
●直接升级使用VS2003构建的大型系统
ASP.NET网站编程模型的优点：
●动态编译该页面，马上可以看到效果，不用编译整个站点（主要优势）
●同上，可以使错误的部分和使用的部分不相干扰（可以要求只有编译通过才能签入）
●可以每个页面生成一个程序集（不会采用这种方式）
●可以把一个目录当做一个Web应用来处理，直接复制文件就可以发布，不需要项目文件（无所谓，只适合小站点）
●可以把页面也编译到程序集中（应该用不到，而且ASP.NET WEB 应用程序也可以通过WebDeployment插件来实现）
另外，
ASP.NET WEB 应用程序可以作为类库被引用；ASP.NET网站则不可以作为类库被引用。
ASP.NET WEB 应用程序在修改了页面底层的代码之后需要重新进行编译 ，ASP.NET网站不需要重新编译
ASP.NET WEB 应用程序会有解决方案和项目文件，ASP.NET网站可以没有
基本上，ASP.NET网站适用于较小的网站开发，因为其动态编译的特点，无需整站编译。而ASP.NET WEB 应用程序适应大型的网站开发，维护等。
最后，讨论一下发布的问题，也就是我一直以来是怎么区分这两者的
两者都可以使用“发布”功能，但是新建ASP.NET WEB 应用程序时还可以直接将源码中的CS文件去除后直接复制到虚拟目录即可，ASP.NET网站在发布的时候，会自动生成bin文件夹，里面存放一个Dll文件，但是每次生成的Dll文件名都不一样
一般，为了发布便捷我们用的都是新建ASP.NET WEB 应用程序
补充历史=========================================
2012-08-08
今天发现两者都可以添加母版页，但是ASP.NET WEB 应用程序无法添加使用母版页的页面
若发现新的区别会陆续更新，欢迎大家前来指正！！
