叶绿体/线粒体在线注释网站GeSeq
上篇介绍了一个线粒体在线注释网站,MITOS,今天呢白鱼小编继续给大家推荐另一个在线注释网站,GeSeq。该网站即可用于注释线粒体,也可用于叶绿体。GeSeq主要以同源注释的方式,快速准确地实现细胞器基因组的注释,特别是叶绿体基因组。
GeSeq网站链接: https://chlorobox.mpimp-golm.mpg.de/geseq.html GeSeq主要依据的同源比对的方法,即根据参考叶绿体/线粒体序列中的结构区,和我们上传的基因组进行blast、hmmer等同源比对,在我们的基因组中寻找相似的区域,由此实现编码基因、非编码RNA等的“同步转移”,从而实现对基因组的注释。 因此,在使用该网站对我们的叶绿体/线粒体进行注释时,必需提供同种或近缘物种叶绿体/线粒体的参考序列(至少需要一个),根据同源注释的方法,获得的结果通常也很准确。 但若不存在近缘的参考基因组,则将无法准确识别基因组中的结构区,这点特别体现在植物线粒体、叶绿体的注释中,