seurat 单细胞数据分析中 VizDimLoadings 函数

 

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#可视化对每个主成分影响比较大的基因集

001、

dat <- pbmc[["pca"]]@feature.loadings                                    ## 数据来源
dat[1:3, 1:3]
dat <- dat[order(-dat[,1]),][1:29,1]
dat <- as.data.frame(dat)
dat <- cbind(gene = rownames(dat), dat)
dat <- rbind(dat, MALAT1 = c("MALAT1", -0.10))                          ## ？？？？
dat$num <- nrow(dat):1
par(mai = c(1, 1, 1, 1),mgp = c(2.5,0.7,0)) 
plot(dat$dat,pch = 19, dat$num, yaxt ="n", xlab = "PC_1", ylab = "")
axis(2, 1:30, rev(dat$gene), col.axis = "black", las = 2)                ## 绘图 

 

 

标准结果：

VizDimLoadings(pbmc, dims = 1, reduction = "pca")